建初三年（公元78年，戊寅年）
春天，正月己酉日，章帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台，大赦天下。
马防攻打布桥，把他打得大败，布桥率领一万多部落的人投降，朝廷下诏征召马防回朝。留下耿恭攻打那些还没归服的人，耿恭斩杀和俘虏了一千多人，勒姐、烧何等十三个部落共几万人，都到耿恭那里投降。耿恭曾经因为进言得罪了马防，监营谒者迎合马防的意思，上奏说耿恭不操心军事，耿恭因此获罪被召回关进监狱，还被免去官职。
三月癸巳日，章帝立贵人窦氏为皇后。
当初，在明帝时期，治理虖沱河、石臼河，想从都虑修到羊肠仓，以便开通漕运。太原的官吏和百姓深受劳役之苦，搞了好几年都没成功，累死的人多得数不清。章帝任命郎中邓训为谒者，负责监管这件事。邓训经过仔细考量和规划，知道这件事很难做成，就详细地向章帝汇报。夏天，四月己巳日，章帝下诏停止这项工程，改用驴车运输，每年节省的费用数以亿计，还让几千服劳役的人活了下来。邓训是邓禹的儿子。
闰月，西域代理司马班超率领疏勒、康居、于窴、拘弥的军队共一万人，攻打姑墨的石城，把城攻破了，斩杀七百人。
冬天，十二月丁酉日，任命马防为车骑将军。
武陵漊中的蛮人反叛。
这一年，有关部门上奏，请求让广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党都前往自己的封国。章帝天性重感情，不忍心和诸王分开，于是就让他们都留在了京城。
建初四年（公元79年，己卯年）
春天，二月庚寅日，太尉牟融去世。
夏天，四月戊子日，章帝立皇子刘庆为太子。
己丑日，改封巨鹿王刘恭为江陵王，汝南王刘畅为梁王，常山王刘昞为淮阳王。
辛卯日，封皇子刘伉为千乘王，刘全为平春王。
有关部门接连依据旧例，请求给各位舅舅封爵。章帝因为天下丰收，四方太平无事，在癸卯日，就封卫尉马廖为顺阳侯，车骑将军马防为颍阳侯，执金吾马光为许侯。太后听说后说：“我年轻的时候，一心只想在史册留名，连性命都不顾。现在虽然老了，还是告诫自己不能贪得无厌，所以日夜警惕，想着要自我约束，希望遵循这个原则，不辜负先帝。我之所以教导兄弟们，就是想让大家都有这个志向，希望到我闭眼的时候，没有什么可遗憾的，没想到我这老想法还是没人听啊！到我死的时候，肯定会留下深深的遗憾！”马廖等人都推辞谦让，希望只接受关内侯的爵位，章帝不答应。马廖等人没办法，接受了封爵但上书请求辞去官职，章帝同意了。五月丙辰日，马防、马廖、马光都以特进的身份回家。
甲戌日，任命司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月癸丑日，皇太后马氏驾崩。章帝既然是被太后抚养长大的，就只把马氏当作外家，所以贾贵人没能登上太后之位，贾氏的亲族也没有得到宠幸荣耀的。等到太后驾崩，只给贾贵人增加了王赤绶，一辆四匹马拉的安车，永巷的宫女二百人，御府的各种丝绸二万匹，大司农的黄金一千斤，钱二千万而已。
秋天，七月壬戌日，安葬明德皇后。
校书郎杨终建议说：“汉宣帝广泛征召众多儒生，在石渠阁讨论并确定《五经》的内容。现在天下太平，学者们能够完成学业，但是那些研究章句的人，却破坏了经典的天下。应该像石渠阁那次一样，讨论经义，为后世确立准则。”章帝听从了他的建议。冬天，十一月壬戌日，章帝下诏给太常：“让将军、大夫、博士、郎官以及各位儒生在白虎观集会，讨论《五经》的异同。”让五官中郎将魏应秉承皇帝旨意发问，侍中淳于恭上奏，章帝亲自裁决，写成《白虎议奏》，着名的儒生丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵以及广平王刘羡都参与了这件事。班固是班超的哥哥。
建初五年（公元80年，庚辰年）
春天，二月庚辰初一，发生了日食。章帝下诏让大家举荐敢于直言、能进谏的人。
荆州、豫州各郡的军队讨伐漊中的蛮人，把他们打败了。
夏天，五月辛亥日，章帝下诏说：“我一直盼望着正直的人，渴望听到不同的见解，那些先到的人，都已经抒发了心中的愤懑，我大概了解你们的志向了。我都想把你们安排在身边，随时咨询并采纳你们的建议。建武年间的诏书也说：‘尧通过任职来考察臣子，而不是只看言语文章。’现在很多地方官职空缺，你们都可以去补任。”
戊辰日，太傅赵熹去世。
班超一心想彻底平定西域，就上疏请求增兵，他说：“我看到先帝想开拓西域，所以向北攻打匈奴，向西派遣使者出使各国，鄯善、于窴很快就归向教化。如今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居又愿意归附，他们想合力消灭龟兹，打通通往汉朝的道路。要是能拿下龟兹，那么西域还没归服的就只剩百分之一了。以前参与议论的人都说：‘拿下三十六国，就相当于斩断匈奴的右臂。’现在西域各国，从太阳落山的地方开始，没有不归向教化的，无论大小都高高兴兴，进贡不断，只有焉耆、龟兹还没有服从。我之前和三十六个下属奉命出使极其偏远的地方，备尝艰难困苦，从独自坚守疏勒到现在已经五年了，我对胡人的情况很了解，问他们各个城郭的大小，他们都说依靠汉朝就像依靠上天一样。由此可见，葱岭可以打通，龟兹可以讨伐。现在应该封龟兹在汉朝做人质的王子白霸为龟兹国王，派几百步兵和骑兵护送他回去，再联合各国的兵力，几个月之内，就可以擒获龟兹王。用夷狄的力量去攻打夷狄，这是很妙的计策。我发现莎车、疏勒土地肥沃宽广，粮草非常充足，不像敦煌、鄯善之间那样。这样我们的军队不用耗费中原的物资，粮食就能自给自足。而且姑墨、温宿两国的国王，都是龟兹特别设立的，他们并非本地人，相互之间也很厌烦痛苦，按形势一定会有人投降。如果这两国投降，那么龟兹自然就会被攻破。希望陛下批准我的奏章，参考着去行事，如果真能成功，我就算死了也没有遗憾！我班超承蒙神灵保佑，只希望不要这么快倒下，能亲眼看到西域平定，到时候陛下举起祝颂长寿的酒杯，向祖庙献上功勋，把大喜之事宣告天下。”奏章呈上后，章帝知道他可以成功，就商议着给他派兵。平陵人徐干上疏，愿意投身去帮助班超，章帝任命徐干为代理司马，率领减刑的刑徒和自愿从军的人共一千人去投奔班超。此前，莎车以为汉朝不会出兵，就投降了龟兹，疏勒都尉番辰也反叛了。正好徐干赶到，班超就和徐干一起攻打番辰，把他打得大败，斩杀一千多人。班超想进攻龟兹，认为乌孙兵力强大，应该借助他们的力量，于是上奏说：“乌孙是大国，能拉弓打仗的有十万之多。所以汉武帝把公主嫁给乌孙王，到汉宣帝时终于发挥了乌孙的作用。现在可以派使者去招抚他们，和他们一起合力攻打。”章帝采纳了他的建议。
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